Die mikrobiotische Therapie umfasst die orale und parenterale Gabe von Mikroorganismen, deren Bestandteilen oder Stoffwechselprodukten zu therapeutischen Zwecken und ist integraler Bestandteil der Naturheilkunde.
Die gezielte Bestimmung darmschleimhautassoziierter Parameter aus einer Stuhlprobe bietet Information zum aktuellen Zustand der Schleimhaut, der Situation im sogenannten Grenzraum und dem mikrobiotischen Milieu.
Zahlreiche Faktoren können das mikrobielle Gleichgewicht im Darm stören, vor allem Fehlernährung (u. a. zu wenig Ballaststoffe oder übermäßiger Zuckerkonsum), Malassimilation und iatrogene Einflüsse (z. B. Antibiotika).
Die mikrobiotische Therapie ermöglicht eine sehr individuelle Einflussnahme auf das symbiotische Wechselspiel zwischen Mensch und Mikroorganismen. Je früher an der sensiblen Grenzfläche zwischen »innen« und »außen«, zwischen »eigen« und »fremd« wieder physiologische Verhältnisse hergestellt werden, desto schneller findet der Organismus zurück in die natürliche Eigenregulation.
300 – 500 m² Oberfläche machen die Darmschleimhaut zur großen Grenzfläche des Körpers. Daher ist hier die Gefahr besonders groß, dass sich fremde, möglicherweise krankmachende Mikroorganismen aus der Nahrung ansiedeln. Dieses verhindert die physiologische Darmflora und schützt so vor Darminfektion. Die Darmflora trainiert zudem über spezielle Signalstrukturen das darmassoziierte Immunsystem. Der Darm ist somit wichtiges Immuntrainings- und Koordinationszentrum für die gesamte Schleimhautabwehr.
Insbesondere im Bereich der Kinderheilkunde findet die mikrobiotische Diagnostik und Therapie Einsatz z. B. bei Infektanfälligkeit oder allergischen Erkrankungen.
Besonders wichtig ist die Kommunikation zwischen Mensch und Mikroben für Neugeborene. Nur mithilfe ihrer Darmflora entwickeln diese ein funktionstüchtige Immunsystem. Auch an der Entwicklung der oralen Toleranz, also der immunologischen Toleranz z.B. alltäglicher Nahrungsmittel ist die frühkindliche Darmflora beteiligt.
Orale mikrobiotische Präparate werden bei Darmflorastörungen eingesetzt die z. B. mit allergischen Erkrankungen wie z. B. Neurodermitis oder Asthma einhergehen, aber auch zur Allergieprophylaxe für das Ungeborene bei Schwangeren mit Allergieneigung.
Weitere therapeutische Bereich sind akute und chronische Infekte z. B. des Respiration- und Urogenitaltraktes oder Darmerkrankungen wie z. B. chronisch-entzündlichen Darmerkrankung, Reizdarmsyndrom oder chronische Obstipation. Ein weiterer Einsatzbereich ist die mikrobiotische »Starthilfe« bei Kaiserschnittkindern und Flaschenmilchkindern zur Allergieprophylaxe zur Förderung der kindlichen Entwicklung.